隨著這些新技術的普及，需要評估相同方法的不同實現的性能，并測量不同方法之間的差異。例如，LSCM 中靈敏度、分辨率和可接受噪聲限值的定義是什么，測量它們的方法是什么？對 LSCM 和 WFM 的早期比較發現，這些系統的性能存在顯著差異——商業平臺的特定實現產生的噪聲限制了這些系統的性能，其方式無法通過簡單考慮照明、檢測器或光路來預測17. 隨后對同一成像方法的不同實現方式的比較揭示了針對不同應用的特定成像平臺的性能差異，在某些情況下，針對同一應用的同一方法的不同實現之間存在差異38 – 40。因此，不同平臺執行方式的差異決定了它們的使用方式，以及最終可以用它們做出的發現。

迄今為止已發表的成像方法的比較主要是受挫折的影響——這個實驗室和其他作者實驗室的儀器沒有達到預期的效果。不令人滿意的性能會立即轉化為不完整甚至未執行的實驗，因此有必要描述和理解這些限制。迄今為止發表的最全面的研究只涵蓋了有限數量的不同成像方式的幾個例子，以及每一種38、39的幾個例子。默里等人。38專注于一個表征——特定樣品由特定劑量的照明產生的信噪比——因此可用于比較不同成像模式在低光成像（例如活細胞成像）中的效用。這項特定研究最有用的結果可能是確定成像方式之間的一般差異，并開發用于比較 3D 成像系統的測試樣本。然而，要全面了解系統差異和跨多個領域的適當使用，還需要更多的測量，而這到目前為止還沒有實現。

標準化在商業領域很常見，其中一個共同的定義、接口或一組維度意味著不同的制造商可以根據定義的標準構建系統。一個熟悉的例子是 2006 年發布的用于 HCS 的 96、384 和 1,536 孔板的設計和布局的 ANSI 標準（ANSI/SBS 1-2004 至 ANSI/SBS 4-2004；）。隨著大量的板、機器人和成像系統制造商以及學術實驗室的許多努力，定義這些板中孔位置的規范有助于確保各種設備的實用性，并將該領域的注意力適當地集中在技術開發和科學發現。這一發展的關鍵參與者是生物分子篩選協會，這是一個代表學術和商業科學家以及商業供應商的機構。雖然這是一項重要成*，但它只是生物顯微鏡領域可能發生的標準化的一個例子——用于檢測器、照明設備和成像系統的許多其他組件。